Ühistu kõrgemaks juhtimisorganiks on ühistu liikmete üldkoosolek. Aretusalaseid otsuseid teeb aretusühistu nõukogu ja elluviijaks on Eesti Tõusigade Aretusühistu juhatus, aretusspetsialistid, konsulendid ja seemendusjaama töötajad. Otsused valmistab ette töögrupp, kuhu kaasatakse vastavalt vajadusele:

• ühistu nõukogu ja juhatus
• baasaretusfarmide volitatud esindajad
• aretuse keskandmebaasi volitatud esindajad
• baasaretusfarmide aretusspetsialist-konsulent, aretusspetsialist-lihatehnoloog
• teadlased ja teised spetsialistid

Aretusalaseid otsuseid võetakse vastu nimetatud töögrupi liikmete ettepanekul aretusühistu nõukogu poolt häälteenamusega heakskiidul. Aretusprogrammi elluviimise lülide vahelisi suhteid reguleerivad lepingud:

• Eesti Tõusigade Aretusühistu ja baasaretusfarmide vahel
• Eesti Tõusigade Aretusühistu ja aretuse keskandmebaasi haldaja vahel